วัน1ศุกร์ที่ 6 มีนาคม 2561 เวลา 14.00 น  เจ้าหน้าที่สำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ร่วมกับเจ้าหน้าที่สำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 15 (ภูเก็ต) และเจ้าหน้าที่จากเทศบาลตำบลรัษฎา ร่วมตรวจสอบกรณีเรื่องร้องเรียนมีการปล่อยน้ำเสียจากองค์การสะพานปลาลงคลองป่าโกงกางซึ่งเป็นแหล่งห่วงโซ่อาหารของชุมชน ลงไลน์ตาสับประรดเมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2561 เวลา 20.31 น. นั้น 

คณะเจ้าหน้าที่ได้ตรวจสอบการทำงานของระบบบำบัดน้ำเสียขององค์การสะพานปลา พบว่ามีระบบบำบัดน้ำเสียแบบ Bi-Act SCBA (เป็นระบบบำบัดน้ำเสียแบบชีวภาพใช้เติมอากาศ)  ปัจจุบันระบบการเติมอากาศชำรุดไม่สามารถใช้งานได้  โดยมีเพียงการเติม EM ลงในบ่อบำบัดและใช้กระบวนการบำบัดแบบบ่อผึ่ง ลักษณะน้ำเสียในบ่อบำบัดมีสีน้ำตาลขุ่น มีกลิ่นเหม็น และมีคราบไขมันลอยบนผิวหน้าบริเวณบ่อพักน้ำทิ้งก่อนระบายออกลงสู่คลองซึ่งอยู่ติดกับป่าชายเลน 
โดยเจ้าหน้าที่ขององค์การสะพานปลาแจ้งว่าอยู่ระหว่างรองบประมาณปี 2562 ในการซ่อมระบบบำบัดฯและคาดว่าจะแล้วเสร็จประมาณเดือนเมษายน 2562  คณะผู้ตรวจสอบจึงแนะนำให้องค์การสะพานปลาดำเนินการแก้ไขเบื้องต้นเพื่อลดความสกปรกของน้ำทิ้งก่อนปล่อยลงสู่ป่าชายเลนดังนี้ 
1. ให้ติดตั้งตะแกรงเพื่อดักเศษขยะที่จะเข้าระบบบำบัด 
2. เติม EM ชนิดกินไขมันลงบ่อดักไขมัน เพื่อช่วยลดไขมันของน้ำเสีย 
3. เปลี่ยนท่อระบายน้ำล้นบริเวณบ่อพักน้ำทิ้งเป็นท่อ 3 ทาง เพื่อลดปริมาณตะกอนไขมันบนผิวน้ำและตะกอนออกสู่ภายนอก 
4. สูบตะกอนและล้างทำความสะอาดบ่อตกตะกอนและบ่อพักน้ำทิ้งสุดท้าย เพื่อลดความสกปรกของน้ำทิ้งที่จะออกสู่ลำคลอง โดยน้ำเสียและตะกอนที่สูบออกให้นำไปกำจัดอย่างถูกวิธี ห้ามระบายออกสู่ภายนอกเด็ดขาด  

ทั้งนี้เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2561 เทศบาลตำบลรัษฎา ตรวจสอบบริษัท ยูเนี่ยนฟู้ด ซึ่งอยู่ใกล้กับองค์การสะพานปลา พบว่ามีระบบบำบัดน้ำเสียแบบเติมอากาศ แต่ระบบชำรุด โดยได้ใช้ EM ก่อนปล่อยน้ำทิ้ง ซึ่ง ทต.รัษฎา ให้บริษัทดำเนินการซ่อมแซมระบบบำบัดน้ำเสียภายใน 15 วัน นับจากวันตรวจสอบ